MRT Bilder in MP4 umwandeln – Linux

Veröffentlicht am Autor JonasHinterlasse einen Kommentar

Letzte Woche hat mich ein Freund gefragt, ob bei mir am PC vielleicht die CD funktionieren würde, die er beim MRT bekommen hatte.
Zwar ist diese CD für seinen Arzt vorgesehen, aber die Neugier war stark.

Die Bilder lagen im sogenannten DICOM Format vor. Zitat hierzu aus Wikipedia:

„Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM; deutsch Digitale Bildgebung und -kommunikation in der Medizin) ist ein offener Standard zur Speicherung und zum Austausch von Informationen im medizinischen Bilddatenmanagement. Diese Informationen können beispielsweise digitale Bilder, Zusatzinformationen wie Segmentierungen, Oberflächendefinitionen oder Bildregistrierungen sein.  ….
Fast alle Hersteller bildgebender oder bildverarbeitender Systeme in der Medizin wie z. B. Digitales Röntgen, Magnetresonanztomographie, Computertomographie oder Sonographie implementieren den DICOM-Standard in ihren Produkten. „

Es handelt sich also um Reihenbilder im Rohformat, an die Zusatzinformationen standardisiert angehängt werden können.

Dabei gibt es eine Header-Datei und Reihen-Dateien, die zumeist in einem Unterordner abgelegt werden, ähnlich einer MP3 Playlist.

Nun gibt es mehrere OpenSource Programme, um die Bilder zu sichten und auszuwerten. Das Ausgefeilteste ist Ginkgo-CADx .

Was wir wollten, war aber das Video auf WhatsApp zu verschicken.

Also DICOM zu MP4 -> Aber wie?!

Nach einigem recherchieren und ein wenig Bash-Scripting nun hier des Rätsels Lösung:

sudo apt install medcon ffmpeg

Als erstes kopiert man die Dateien auf der CD in einen Ordner auf dem PC.

In dem Ordner mit den Reihenbildern legt man folgende Skripte an und macht diese ausführbar.

Script 1 – DICOM zu PNG

#!/bin/bash
FILES=./*
for f in $FILES
do
  echo "Processing $f file..."
  # Take action on each file. $f eq. to current file name.
  medcon -c png -f ./$f
done

Script 2 – PNG zu MP4

#/bin/bash
ffmpeg -framerate 1 -pattern_type glob -i
'*.png' -r 20 -c:v libx264 -pix_fmt yuv420p out.mp4

Datenschützer sind wahrscheinlich schon alleine von der Idee begeistert das Ganze über WhatsApp zu verschicken… Daher hier nur eine sehr kurze Sequenz des Endergebnisses:

 

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